Sejarah Asal Usul Pulau Koja Doi
Koja Doi berasal dari kata Koja dan Doi, yang menurut bahasa Sikka Koja = Kenari dan Doi = Kecil. Pemberian nama tersebut adalah orang Sikka pertama yang mendiami wilayah Pulau Besar yang kionon pada waktu itu tempat tinggalnya (rumah) di bawah pohon kenari besar, sehingga Pulau Besar tersebut di berikan nama Koja Gete (Koja = Kenari, Gete = Besar) dan Pulau Kecil karena merupakan wilayah yang tidak terpisahkan dari Pulau Besar maka diberi nama Koja Doi.
Menurut sejarah/ riwayat, Koja Doi adalah merupakan dua gugus Pulau Kecil yang berada disebelah selatan Pulau Besar yang hanya terpisahkan oleh selat sempit dan dangkal serta dikelilingi oleh hutan bakau yang sangat lebat yang pada waktu itu adalah merupakan tempat persembunyian para bajak laut. Namun kedua gugus pulau tersebut sekarang menyambung jadi satu karena setiap pertambahan penduduk mereka melakukan penimbunan dengan menggunakan batu karang untuk pembangunan rumah tempat tinggalnya.
Masyarakat Dusun Koja Doi berasal dari Tomia, Sulawesi Tenggara yang menetap di Pulau Kecil Koja Doi pada tahun 1917. Orang pertama yang mendiami Pulau Kecil ini adalah pelarian akibat tidak tahan terhadap kerja paksa pada masa pendudukan jepang di daerahnya. Mata pencaharian orang-orang buton adalah mencari ikan dengan menggunakan bubu laut (perangkap ikan) yang dianyam sendiri dengan menggunakan aur (bambu) dari Pulau Besar.
Selain menangkap ikan mereka juga mahir/ trampil membuat perahu dengan memanfaatkan kayu yang ada di hutan Pulau Besar, tetapi sekarang kebanyakan kayu didatangkan dari luar daerah karena ketersediaan kayu sudah semakin berkurang. Mereka mengenal penggunaan bom untuk menangkap ikan pada masa pendudukan Jepang.
Menurut sejarah wilayah ini masih dalam kekuasaan Raja Nai yang pada masa itu dengan masuknya orang Bugis (Bone) yaitu Bapak Sempi melakukan kerja sama untuk melawan Bajak Laut yang selalu mengancam kenyamanan dan keselamatan warga masyarakatnya. Atas keberhasilan mengalahkan Bajak Laut tersebut maka terjadilah kawin mawin dan wilayah dusun tersebut di serahkan sepenuhnya kepada Bapak Sempi.
Setelah berakhir masa kerajaan Nai maka tahta kerajaan diserahkan kepada saudara Raja Nai yaitu Raja Thomas. Peninggalan dari kerajaan tersebut adalah sumur pesanggrahan (sumur Raja) yang hingga saat iini adalah satu-satunya sumur yang masih digunakan oleh masyarakat Dusun I Koja Doi dan Dusun II Koja Besar untuk di konsumsi.
Disamping itu pula wilayah dusun ini juga memiliki beberapa kisah sejarah antara lain :
§ Teluk Liang yang pada masa pendudukan jepang merupakan tempat persembunyian masyarakat.
§ Pegunungan Wolong Bura (Gunung Putih)
§ Bukit Watu Dang (batu tangga) yaitu sebuah bukit yang apabila kita melakukan pendakian kita akan menemukan tangga bersusun sampai pada puncak bukit tersebut.
§ Tanjung Walet (sot Bukar) terdapat gua walet
§ Letang Lahang yang berarti Letang = siap menombak atau memanah dan Lahang yang berarti Pohon Kedondong adalah lokasi/ tempat strategis persembunyian seseorang pada saat berburu rusa.
§ Sot Watu Wair (tanjung batu air) adalah mata air yang keluar dari celah-celah batu yang sering digunakan untuk diminum oleh para pemburu rusa dan warga yang bercocok tanam disekitar tanjung tersebut.